Najvažniji mehanizam zaštite područja ekološke mreže jest postupak ocjene prihvatljivosti za ekološku mrežu svih planova, programa i zahvata koji mogu imati značajan utjecaj na područja ekološke mreže (OPPPZEM).

EU direktive propisuju da se kod odabira područja za mrežu NATURA 2000 trebaju koristiti isključivo stručni kriteriji, ne uzimajući u obzir društveno-gospodarsku problematiku. Područja koja su najvrjednija za ugrožene vrste i staništa uključuju se u ekološku mrežu NATURA 2000, nakon čega je (kroz mehanizme upravljanja područjem i ocjenjivanja prihvatljivosti pojedinih planova i zahvata na ekološku mrežu) potrebno osigurati što skladniji razvoj ljudskih djelatnosti.

Za sve planove (primjerice planove upravljanja prirodnim dobrima, prostorne planove, strateške dokumente), kao i za sve pojedinačne zahvate za koje nije moguće sa sigurnošću isključiti negativan utjecaj na ciljne vrste i staništa te na cjelovitost NATURA područja, obvezno je provesti postupak ocjene prihvatljivosti.

Nije važno da li je zahvat smješten u samom NATURA području ili izvan njega, bitno je sagledati njegov mogući utjecaj. Tako primjerice regulacija rijeke uzvodno može imati posljedični utjecaj na područje ekološke mreže (ciljne vrste i staništa) kilometrima nizvodno.

Postupak ocjene je ugrađen u hrvatsko zakonodavstvo: kroz tzv. prethodnu ocjenu predloženi zahvat se ‘skenira’ i procjenjuje se da li je moguće isključiti njegov negativan utjecaj na ekološku mrežu. Ako jest, zahvat ide dalje u redoviti postupak ishođenja dozvola. Ako nije, upućuje se na glavnu ocjenu u kojoj se detaljnije sagledavaju mogući negativni utjecaji, pokušavaju pronaći alternativna rješenja za ostvarivanje cilja zahvata kao i mjere kojima je moguće ublažiti utjecaje.

Ukoliko je zahvat i dalje neprihvatljiv, moguće je provesti utvrđivanje prevladavajućeg javnog interesa uz sudjelovanje javnosti te ako on postoji, izvesti zahvat uz kompenzaciju. To znači nadoknađivanje „žrtvovanog” područja zamjenskim područjem, prirodnim ili umjetno načinjenim, koje će preuzeti njegovu ulogu u mreži NATURA 2000.